Omstreeks 1394 werd aan het Noordeinde een gasthuis gebouwd, het Sint Joris Gasthuis. Aanvankelijk kreeg daar iedere hulpbehoevende, zoals reizigers, vreemdelingen en zieken, voedsel en onderdak. Zo'n "gasthuis" was toen niets meer dan een kapel, waar ten weerszijden van het middenpad kamertjes waren voor de vreemdelingen en zieken, die van boven niet afgesloten waren. Door het verblijf van vreemdelingen werd het gasthuis ook wel "baaierd" genoemd.
In de eeuwen erna werd het vooral een "dolhuis", waar krankzinnigen werden opgesloten. Van psychiatrische behandeling was toen geen sprake. Krankzinnigen werden gezien als gevaarlijk en van de duivel bezeten. Pas in de 19e eeuw werden zij gezien als zieken, die behandeld moesten worden.
Sint Joris is patroon van onder andere schutters. Waarschijnlijk nam iemand van het Delftse schuttersgilde het initiatief voor de stichting van het Sint Joris Gasthuis, om te voorzien in een behoefte. Men wilde een invulling geven aan de werken van barmhartigheid. Een andere sociale voorziening in Delft was het Heilige-Geestzusterhuis, een instelling voor bejaarden en zieken. De Heilige Geest werd in de Middeleeuwen gezien als de "Vader van de armen" .
Bij de stadsbrand van Delft in 1536 is veel archiefmateriaal verloren gegaan. Daarom is over het ontstaan van het Sint Joris Gasthuis weinig bekend. De eerste bronnen die bewaard zijn gebleven zijn uit 1407.
Andere steden waar in de Middeleeuwen een voorziening was voor de opvang van krankzinnigen zijn onder andere: in 's-Hertogenbosch het Reinier van Arkel huis sinds 1442 (de oudste Nederlandse psychiatrische instelling), in Utrecht het Willem Arntsz huis sinds 1461.
Op 29 september 1407 geeft graaf Willem VI van Holland toestemming voor het oprichten van een "cappelrien" (=fonds voor de bezoldiging van een kapelaan) in het Sint Joris Gasthuis.
Op 30 september 1407 geeft het Delftse stadsbestuur een opgave van de inkomsten voor het onderhoud van de kapelaan.
Frederik van Blankenheim, de bisschop van Utrecht, geeft op 3 oktober 1407 in een brief goedkeuring en stelt de eerste kapelaan aan: Gerard van der Burch.
Een aanmoediging om zieken te verzorgen was het privilege van graaf Willem VI uit 1411 waarin werd bepaald dat wanneer iemand overlijdt in het Gasthuis de nalatenschap voor een groot deel mocht worden behouden door het Gasthuis. Dat was bij dat privilege ook het geval voor het Oude Gasthuis.
In het naastgelegen gasthuis (Baaierd of Beyaert genaamd) konden vreemdelingen tijdelijk worden ondergebracht. In 1480 werd bepaald dat het Oude Gasthuis alleen voor mannen werd bestemd en dat in het Sint Joris Gasthuis alleen vrouwen mochten blijven slapen.
Van 1572 tot 1576 werd de kapel gebruikt als oorlogshospitaal.
Op 16 maart 1573 kwam er een verbod om in de kapel katholieke diensten te houden. Dat was al eerder in andere Delftse kerken verboden.
Op 23 mei 1577 besluiten de Staten van Holland om kloostergebouwen in eigendom over te dragen aan stedelijke overheden.
Tekst van het charter van Graaf Willem VI uit 1407:
" Willem, bi der genaden Goids Palentsgrave upten Riin, Hertoge in Beijeren, Grave van Hollant, van Zeelant ende Here van Vrieslant,
doen cond allen luden, dat wii om sonderlingen gunste, die wii dragen tot onser getruwer stede van Delf ende om menigen guden dienste wille, die si ons gedaen hebben oft God wil noch doen sullen,
derselver onser stede gegeven ende geconsenteert hebben, geven ende consenteren mit desen brieve,
dat si tot ewigen dagen ghifters wesen sullen van eenre cappelrien staende in sinte Joris Gasthuus int Noirteijnde binnen onser stede voirnoemt tot tien ponden siaers toe.
Ende want wii dit onser goeden stede voirsz. vaste en gestade gehouden willen hebben voir ons ende voir onsen nacomelingen, so hebben wii des in getuigenisse onse segel aen desen brieve gehangen.
Gegeven up onsen huze tot Gornichem up sinte Michiels dach int jair ons Heeren MCCC ende zeven. "
cappelrien = Hier: fonds voor een jaarlijks inkomen van een kapelaan
Sinte Michielsdach = 29 september
