Na de kerstening onder Karel de Grote (800 n. Chr.) kregen geestelijke instellingen steeds meer voet aan de grond in Overijssel. Via het leenstelsel kwamen ze in het bezit van veel goederen. Kapittels en kloosters kregen zo van de bisschop van Utrecht bezittingen om met de opbrengsten ervan te kunnen leven en natuurlijk om het rooms-katholieke geloof in stand te houden en te verbreiden. Die opbrengsten bestonden uit pacht van boerderijen en grond, uit geleverde diensten en uit de afdracht in natura, van producten als bijenwas voor kaarsen, graan, brood, eieren en kippen. Door schenkingen en giften groeide het bezit van de kloosters verder.
Stichting
Na 1100 kwam er een armoedebeweging op gang, waarbij hele gezinnen, gemengde groepen van mannen en vrouwen en ook echtparen met kinderen zich aaneensloten tot kloosterachtige gemeenschappen. De Betuwse ridder Hugo van Buren ontfermde zich over deze beweging. Hij bouwde in 1142 op een plek niet ver gelegen van het huidige centrum van het dorp Weerselo een dubbelklooster, voor paters en nonnen. Eerder had zijn neef, ook een Hugo, dienstman van bisschop Herbert van Utrecht en graaf van Goor, hem de kerk in Weerselo en de goederen die hij daar bezat geschonken. Het klooster had interne keukens en slaapvertrekken en kwam te staan op een met water omringd stuk grond. Het klooster kreeg een groot aantal bijgebouwen, zoals een kerk met ziekenkamers, schuren, een spijker voor de opslag van graan, een bakhuis en brouwhuis en een of meerdere boerderijen. Vanzelfsprekend hebben de paters en de nonnen eigen woongedeelten gehad, waarbij de kerk als scheiding gold.
Oudste klooster
Naast dit klooster in Weerselo zijn er in Twente in latere jaren nog een aantal ontstaan: het Agnietenklooster in Oldenzaal (binnen de stadsmuren), de Commanderie in Ootmarsum (net buiten de stad), het Catharinaklooster in Almelo (dichtbij de stad) en het klooster in Albergen (op het platteland). Van al deze kloosters is dat van Weerselo het enige waarvan restanten bewaard zijn gebleven. Het was het eerste en dus oudste klooster in de provincie Overijssel. Hoeveel geestelijken er op enig moment hebben gewoond, is bij gebrek aan archiefstukken niet meer te achterhalen. Omdat er binnen de gracht niet veel ruimte was, zullen de overleden kloosterlingen buiten deze gracht zijn begraven. De gracht bood bij oorlogsgevaar enige bescherming.
Ligging
De vraag waarom het klooster juist op deze plaats kwam, is niet meer te beantwoorden. Mogelijk lag er een zandrug met in de onmiddellijke omgeving stromend water. Platboomvaartuigen voeren zeker in latere eeuwen vanaf de Stiftswatermolen via de kleine beekjes naar Almelo en vandaar op Deventer. Het in de buurt gelegen Oldenzaal was al vóór het jaar 1000 een belangrijke stad, omdat daar het bisschoppelijk steunpunt, zowel bestuurlijk als economisch, gevestigd was met zijn kapittel en proosdij.
Bloeiperiode
In 1151 wist de prior van deze gemeenschap een benedictijner orde te maken. Pater Hildebrand werd in 1152 als abt aangesteld. Het klooster groeide zo snel dat een afsplitsing nodig was. Vanuit Weerselo stichtten de benedictijnen een tweede klooster in Wietmarschen, nu Duitsland. Beide kloosters hadden talrijke overeenkomsten, zo hadden ze gezamenlijk één abt. Het klooster bleef groeien en om meer inkomsten te krijgen schonk de bisschop van Utrecht, Govert van Rhenen, in 1162 de kerk van Ootmarsum en haar bezittingen aan het klooster in Weerselo. De gemeenschap in Ootmarsum kreeg later de kerk terug. Helaas is hierover nergens iets schriftelijk overgeleverd.
Dominante vrouwencultuur
Na verloop van tijd ontstonden er spanningen in de gemeenschap van mannen en vrouwen. De vrouwelijke religieuzen, veelal van adellijke afkomst, overtroffen in aantal de mannen. Dit leidde tot conflicten. De nonnen kozen hun eigen priorin, hun eigen leefregels en stelden zich onder de geestelijke leiding van de proost van de kapittelkerk in Oldenzaal. De overgebleven monniken vertrokken in 1259 naar Utrecht, waarmee het klooster definitief een vrouwenklooster werd. De leefregels waren nog van de benedictijnen, maar de werkelijkheid was dat de dames op veel zaken een ander stempel drukten. Van een kloostergemeenschap van benedictinessen veranderde het klooster in een stift of woonplek voor adellijke vrouwen.
