En 1933, Adolf Hitler est arrivé au pouvoir en Allemagne. Il était le leader du Parti national-socialiste des travailleurs allemands (NSDAP) qui prônait l'antisémitisme. Le parti s'appuyait sur la rancune qu'éprouvaient beaucoup d'Allemands après le traitement humiliant réservé à l'Allemagne après la Première Guerre mondiale. Hitler voulait faire de l'Allemagne le pays le plus puissant d'Europe. Tout d'abord, il s'est attaqué à l'Autriche, la Tchécoslovaquie et la Pologne. Ensuite, il a voulu anéantir son plus grand opposant en Europe de l'Ouest : la France. Lors de l'assaut sur la France, les Pays-Bas et la Belgique ont également été occupés.
Le matin du vendredi 10 mai 1940, de nombreux Néerlandais s'étaient réveillés dans le grondement des avions, des bombardements et le roulement des chars. Les soldats allemands avaient traversé la frontière. La guerre commençait. L'armée néerlandaise était bien trop faible pour enrayer l'offensive allemande. Après que les Allemands avaient bombardé le centre de Rotterdam et menacé d'autres villes de leur réserver le même sort, le commandement des armées néerlandaises décidait de capituler. Le gouvernement et la reine s'étaient alors déjà réfugiés en Angleterre.
Au départ, l'occupation semblait supportable, mais très vite le manque de liberté a pris tout son sens. Les Néerlandais étaient forcés de travailler dans les usines allemandes. Des gens étaient également envoyés sans procès en prison ou dans des camps de concentration. Les Juifs surtout étaient poursuivis. L'occupant allemand a déporté dans des trains de marchandises plus de 100 000 Juifs néerlandais, hommes, femmes et enfants, vers des camps de concentration où la plupart étaient tués.
Les Allemands étaient soutenus par les membres du Mouvement national-socialiste aux Pays-Bas (NSB) qui avaient une idéologie comparable, par des suiveurs et des profiteurs. De l'autre côté, il y avait la résistance qui a reçu beaucoup de soutien, mais uniquement à la fin de la guerre. La majorité de la population était opposée aux Allemands, mais n'agissait pas.
À l'automne 1944, le sud du pays était libéré par les forces alliées. Le territoire situé au-dessus des grands fleuves (surtout les villes des provinces de l'ouest) a tout d'abord été touché par un hiver de famine. À cause du manque cruel de nourriture, la population s'est affaiblie et quelques dizaines de milliers de personnes ont perdu la vie. En mai 1945, le commandement allemand capitulait et tous les Pays-Bas étaient libérés. À ce moment-là, les Indes néerlandaises étaient encore occupées par les Japonais. Le Japon a capitulé le 15 août 1945.
