Floris is een van de edelen die zich verzet tegen landvoogdes Margaretha van Parma, die de aanhangers van de nieuwe leer hard aanpakt. In 1566 sluiten de ontevreden edelen in zijn Brusselse paleis het Verbond van Edelen. Floris ondertekent ook het Smeekschrift. Tijdens een banket bij hem thuis besluiten de edelen zich 'geuzen' te noemen.
Het paleis blijft een belangrijke uitvalsbasis voor het Verbond. In 1567 arresteert de hertog van Alva er de graven Egmont en Horne. De prins van Oranje en vele anderen weten op tijd uit Brussel te ontkomen.
In 1568 moet de opstandige Culemborgse graaf verschijnen voor Alva's Bloedraad, maar hij ontkomt naar zijn Duitse gebieden. Zijn Brusselse woning laat Alva tot de grond toe afbreken. En strooit er zout, opdat er niets meer kan groeien.
