Behalve de parochiekerk waren er in Harderwijk ook kloosters. Een klooster is een gebouw of een aantal gebouwen waar kloosterlingen (mannen of vrouwen) leven. Een kloosterling heeft zijn leven gewijd aan God. Dat is als het ware zijn 'vak'. Kloosterlingen zijn niet getrouwd, leven zonder bezittingen en moeten gehoorzamen aan de prior of priorin, de baas of bazin van het klooster.
Omstreeks het jaar 1290 stond er in Harderwijk een klooster van de minderbroeders, ook wel franciscanen genoemd. Zij waren volgelingen van Franciscus van Assisi (1181-1226). Dit klooster stond midden in de stad, bij de tegenwoordige Markt. Dat plein heette daarom vroeger de Broederen.
Behalve het minderbroedersklooster waren in Harderwijk nog vier andere kloosters, waarvan drie vrouwenkloosters. Wat nu het Centrum voor de Kunsten 't Klooster is was vroeger een deel van het Catharinaklooster. Dit klooster komen we al tegen in documenten uit het jaar 1439. De Catharinakapel - gebouwd in 1502 - hoorde bij het klooster. Het huidige Klooster (parkeerterrein) was vroeger de kloostertuin. De Paradijspoort was de toegang tot het kloosterterrein.
Aan de rand van de Vischmarkt stond het Agnietenklooster. De enige herinnering aan dit klooster is de kapel, nu een onderdeel van restaurant Basiliek. De rest van de gebouwen is verdwenen.
In de Smeepoortstraat is een groot appartementencomplex dat de Gelderse Munt heet. Op die plaats stond in de middeleeuwen het klooster van de Graue Susteren. De nonnen van deze kloosterorde droegen grijze - grauwe - kleding, vandaar hun naam. Ten slotte was er sinds 1441 in de tegenwoordige Straat van Sevenhuysen een huis en een kapel voor fraters. Deze fraters begeleidden leerlingen van de Latijnse school. Het woord frater betekent broeder. De fraters behoorden tot een godsdienstige groep, in Deventer gesticht door Geert Groote (1340-1384). Ze noemden zich de Broeders (en ook Zusters) des Gemeenen Levens. Ze woonden weliswaar bij elkaar in een soort klooster, maar legden geen monniksgelofte af. 'Gemeen' betekent in dit geval 'gemeenschappelijk', omdat ze hun privé-bezittingen deelden met de andere fraters.
Ten slotte woonden er bij de Sint-Nicolaaskerk en later bij de Onze Lieve Vrouwekerk (de tegenwoordige Grote Kerk) begijnen. Begijnen waren vrouwen die deel uitmaakten van een soort vrije gemeenschap binnen de Kerk. Ze legden geen geloften af, maar beloofden wel om niet te zullen trouwen. Een opvallend verschil met kloosterlingen was dat ze hun privé-bezittingen mochten houden. De naam begijn is misschien afgeleid van de beige kleur van hun pij, dus vergelijkbaar met de naam Graue Susteren.
In de periode 1578-1580 moesten al deze kloosters hun bezittingen aan de stad overdragen. Dat was een gevolg van de reformatie. Harderwijk koos toen namelijk voor het protestantse geloof, waardoor de Rooms-Katholieke Kerk veel invloed verloor, dus ook de kloosters, eigendom van die Kerk.
