Zo kwamen er hogere eisen voor de afmetingen en inrichting van de klaslokalen, er verschenen nieuwe vakken op het rooster en er moest per veertig leerlingen één leerkracht worden aangesteld. Voor de kwaliteit van het onderwijs waren deze eisen prima. Voor particuliere scholen waren ze een ramp, omdat de kosten sterk stegen.
De Schoolstrijd speelde een grote rol in de Nederlandse politiek. Deze 'onderwijsoorlog' stimuleerde het ontstaan van politieke partijen en van christelijke organisaties op het gebied van onderwijs. Men ging er terecht van uit dat als men goed georganiseerd was, er meer kon worden bereikt. Eendracht maakt macht.
In 1879 werd in Harderwijk de Vereniging voor Christelijk Onderwijs (VCO) opgericht. De VCO stond niet specifiek voor hervormd of gereformeerd onderwijs, zoals in veel andere plaatsen, maar had vanaf het begin een algemeen christelijk karakter. Men zocht naar eenheid op christelijk erf. In september 1879 gingen de deuren van de eerste bijzondere school in Harderwijk open. Er meldden zich zestig leerlingen. De school van meester Rommert Ferwerda was gevestigd in een huis aan de Academiestraat, waar nu de bibliotheek staat. In 1881 gingen er al 181 leerlingen naar deze school. Weldra zat een kwart van de schoolgaande kinderen in Harderwijk op de christelijke school. In 1885 en 1896 werd er zelfs een leerlingenstop ingevoerd, omdat er geen geld voor meer onderwijzers was. In 1903 kreeg de school een vijfde lokaal. In 1918 kwam er ook vervolgonderwijs aan deze school, namelijk een MULO (Meer Uitgebreid Lager Onderwijs).
In 1917 eindigde de Schoolstrijd. In de grondwet kwam een bepaling waarin stond dat het geven van onderwijs vrij was. De overheid stelde wel kwaliteitseisen aan onderwijzers. Openbaar en bijzonder onderwijs waren voortaan aan elkaar gelijkgesteld, ook financieel.
De gevolgen waren in Harderwijk goed te merken. In 1921 kwam er een tweede christelijke lagere school in een gebouw aan de Israëlstraat dat eerder door een openbare school was gebruikt. De openbare school aan de Vischmarkt verloor de helft van het aantal klassen. De leerlingen uit de openbare school aan de Israëlstraat verhuisden naar de Vischmarkt. Zo'n vierhonderd leerlingen volgden nu het christelijk lager onderwijs. Op 3 juli 1922 verdween het openbaar onderwijs uit Hierden. De openbare school te Hierden werd toen omgezet in een christelijke school. Meester A.J. Huese, het hoofd van de school die vanaf 1912 in Hierden werkte, werd met vijf andere leerkrachten ontslagen.
In korte tijd vond er op onderwijsgebied een ware aardverschuiving plaats. In 1920 bezocht zeventig procent van de kinderen een openbare lagere school, in 1923 nog maar vijfendertig procent. Ruimtegebrek van de christelijke school dwong in 1928 de gemeente de helft van het gebouw van de openbare school aan de Vischmarkt ter beschikking te stellen van de VCO.
In grote lijnen is dit beeld sindsdien blijven bestaan, hoewel door de groei van Harderwijk na de Tweede Wereldoorlog het totaal aantal scholen natuurlijk fors toenam. Een bijzonderheid is nog dat in 1950 de eerste rooms-katholieke lagere school in Harderwijk werd geopend. Vóór die tijd waren de christelijke scholen in Harderwijk protestant. In 1952 kreeg de rooms-katholieke Dominicus Savioschool een eigen gebouw aan de Hoofdweg. In de binnenstad zijn vrijwel alle scholen verdwenen, met uitzondering van de christelijke basisschool De Rank. Die werd gebouwd op de plaats van de in 1978 gesloopte oude school aan het Kerkplein.