De stad stelde zich erg onafhankelijk op. Dit leidde soms tot een gewelddadige strijd met de graven en later de hertogen van Gelre. In 1473 belegerde hertog Karel de Stoute van Bourgondië de stad vanuit huis Dukenburg.
Hertogdom Gelre
Gelre veranderde in 1339 van een graafschap in een hertogdom. De heerser heette vanaf dat moment niet meer graaf maar hertog. Nijmegen werkte samen met de adel en andere Gelderse steden. Bijvoorbeeld op het gebied van geldzaken, het voeren van oorlog en het bestuur.
Oorlog
In het midden van de vijftiende eeuw voerden hertog Arnold van Egmond en zijn zoon Adolf oorlog met elkaar. Adolf wilde zelf hertog worden. Nijmegen koos partij voor de rebelse zoon. De ruzie duurde jaren. Na het overlijden van Arnold in 1473 veroverde Karel de Stoute van Bourgondië Gelre. Hij zag zichzelf en niet zoon Adolf als opvolger van Arnold van Egmond.
Verzet
De Nijmegenaren verzetten zich hevig toen Karel de Stoute de stad aanviel, maar moesten zich na drie weken toch overgeven. In 1492 werd de onafhankelijkheid van Gelre hersteld, onder leiding van Karel van Egmond, de zoon van Adolf.
