Bij opgravingen voorafgaand aan de bouw van sportcentrum De Scheg zijn in de jaren tachtig van de 20ste eeuw delen van een grote nederzetting uit de bronstijd en ijzertijd ontdekt. Het is een archeologische vindplaats van landelijk belang. Er hebben vanaf ongeveer 1500 v. Chr. tot het begin van de 5de eeuw na Chr. voortdurend mensen gewoond. De nederzetting lag aan een belangrijke verbindingsroute.
Deventer in de bronstijd
In 1954 groef prof. P.J.R. Modderman op de Margijnenenk bewoningsresten op uit de vroege en middenbronstijd en de ijzertijd. Daarbij werden voor het eerst in Nederland grondsporen van huizen uit de bronstijd (2000-800 v. Chr.) ontdekt. Sindsdien zijn er in de gemeente op meer plaatsen restanten van bewoning uit de bronstijd gevonden, telkens op de wat hoger gelegen zandruggen, gebieden die in de middeleeuwen als enk (akker) werden gebruikt. Het meest bekend is de nederzetting bij De Scheg. Karakteristiek voor deze periode zijn ronde kuilen waarin onder meer het zaaigraan werd opgeslagen. Via uitwisselings- en handelscontacten maakte de bevolking in deze periode kennis met bronzen gereedschappen, wapens, sieraden en kledingaccessoires. Omdat brons een schaars en kostbaar goed was, werd het dikwijls omgesmolten en hergebruikt. Gevonden zijn onder meer een fraaie sierspeld en bronzen bijlen.
Deventer in de ijzertijd
In de ijzertijd (800-12 v. Chr.) was het gebied van Deventer relatief dicht bevolkt. Uit dit tijdvak zijn de sporen van meer dan 30 huizen opgegraven, de meeste vlak langs de Holterweg. Maar ook uit de Driebergenbuurt, Bathmen en Epse-Noord zijn prehistorische boerenerven bekend. Ze tekenen zich af als rijen donkere vlekken in het gele dekzand, daar waar de verticale palen hebben gestaan. De huizen hadden een lengte van 10 tot 25 m en een breedte van 5 tot 7 m. Woonruimte en stal waren van elkaar gescheiden. Deze zogenaamde woonstalboerderijen waren meestal gemaakt van hout, vlechtwerk en leem, met een dakbedekking van riet of stro. In de buurt stonden spiekers: kleine schuurtjes met een hoge vloer, waarin graan en andere producten werden opgeslagen. Bij een van de boerderijen op het terrein van De Scheg is een kuil gevonden waarin, mogelijk als offer, een complete maalsteen, aardewerken pot en ijzeren speerpunt zijn achtergelaten. Bijzonder is de vondst uit 2006 van twee waterputten uit de vroege ijzertijd, onder de verbrede rijbaan van de Holterweg in Colmschate. Deze behoren tot de oudst bekende waterputten uit Overijssel. Jaarringenonderzoek heeft uitgewezen dat één hiervan werd gebouwd in het najaar of de winter van 683 v. Chr.
Grafvelden
Tot ongeveer 1200 v. Chr. begroeven de mensen meestal de lichamen van hun doden. Daarna werden de doden gecremeerd. De crematieresten begroef men op grafvelden, al dan niet in een urn en voorzien van grafgiften. In 1927 vond men bij de kerk in Colmschate enkele urnen met crematieresten uit de late bronstijd. Grondwerkers braken de urnen stuk op zoek naar kostbaarheden, maar vonden slechts verbrande botjes. De leraar en amateurarcheoloog Jan Butter redde de vondst. De voorwerpen bevinden zich tegenwoordig in het Historisch Museum Deventer. Heel bijzonder is ook een vrijwel compleet opgegraven urnenveld uit de vroege ijzertijd (800-500 v. Chr.) op het Bramelt in Colmschate. Hier zijn de crematieresten van circa honderd mensen begraven, vaak in een urn en omgeven door een kringgreppel. Eén graf was omringd door een dubbele kringgreppel met een buitendiameter van ruim 16 m. Een ander nagenoeg compleet opgegraven urnenveld ligt in Epse-Noord.