De aanleiding is dat Frederik III een leerstellige consensus tot stand wil brengen onder de belangrijkste protestantse partijen in Heidelberg over onder andere een visie op het avondmaal. Frederik geeft de opdracht aan Zacharias Ursinus, hoogleraar dogmatiek aan de Heidelbergse universiteit, die zowel door het lutheranisme als het calvinisme is beïnvloed.
Bronnen voor deze catechismus vormen bestaande catechesedocumenten uit Bazel, Zürich, Genève, Emden en Londen. In januari 1563 wordt de Catechismus door een speciaal bijeengeroepen synode officieel verklaard.
De Vlaams/Nederlandse predikant Petrus Datheen vertaalt de Heidelbergse Catechismus in het Nederlands. Hij voegt hem toe aan zijn psalmbundel. Het is de Synode van Dordrecht (1618-1619) die de Catechismus vaststelt als gezaghebbend belijdenisgeschrift.
Al blijft er een punt van discussie op vraag en antwoord 80[1]. “Wat onderscheid is er tussen het Avondmaal des Heeren en de paapse Mis?”. Er zijn wetenschappers die stellen dat Petrus Datheen er voor gezorgd zou hebben dat deze tekst over de rooms-katholieke mis later is toegevoegd als reactie op het Rooms Katholieke concilie van Trente, gehouden van 1545 tot 1563. En dus niet in de originele versie was opgenomen.
De Noord-Hollandse provinciale synode van Alkmaar schrijft in 1573 voor dat er ’s zondagsmiddags een uitleg over een zondag uit de catechismus dient te worden gehouden. Dit voorbeeld wordt gevolgd door de andere provinciale synoden. Van de Hervormde Gemeente is bekend dat in de tijd van ds. Cramer (midden 18e eeuw) de middagdienst een leerdienst was en waarschijnlijke de Catechismus werd bepreekt.
[1] Antwoord: Het Avondmaal des Heeren betuigt ons, dat wij volkomen vergeving van al onze zonden hebben door de enige offerande van Jezus Christus, die Hij Zelf eenmaal aan het kruis volbracht heeft, en dat wij door den Heiligen Geest Christus worden ingelijfd, Die nu naar Zijn menselijke natuur niet op de aarde maar in den hemel is, ter rechterhand Gods Zijns Vaders, en daar van ons wil aangebeden zijn.
Maar de Mis leert, dat de levenden en de doden niet door het lijden van Christus vergeving der zonden hebben, tenzij dat Christus nog dagelijks voor hen van de Mispriesters geofferd worde, en dat Christus lichamelijk onder de gestalte des broods en wijns is, en daarom ook daarin moet aangebeden worden. En alzo is de Mis in den grond anders niet, dan een verloochening der enige offerande en des lijdens van Jezus Christus, en een vervloekte afgoderij.