Na de afwijzing van het verzoek kwamen de protestanten in opstand en begon de Beeldenstorm: een periode van vernieling van katholieke kerken en religieuze beelden. Dit leidde tot een onderdrukking door de Spaanse overheersers onder leiding van de hertog van Alva, die met harde hand probeerde de orde te herstellen.
In 1572 slaagden de watergeuzen, onder leiding van Willem van Oranje, erin om Den Briel te veroveren op de Spanjaarden. Dit was het begin van de opstand tegen de Spaanse overheersing. Na jaren van strijd en verschillende veldslagen werd in 1581 de onafhankelijkheid van de Nederlanden uitgeroepen met het Plakkaat van Verlatinghe.
De Opstand had een grote invloed op de ontwikkeling van de Nederlandse rechtstaat en parlementaire democratie. Tijdens de opstand werden belangrijke grondslagen voor de Nederlandse vrijheden en rechten gelegd, zoals de godsdienstvrijheid en de scheiding van kerk en staat. Daarnaast speelde de strijd tegen de Spaanse overheersing een belangrijke rol bij het ontstaan van de Nederlandse natie. De Opstand vormde daarmee een belangrijk keerpunt in de geschiedenis van de Nederlanden en de Europese geschiedenis in het algemeen.