In 1998 wordt ‘Ketelhaven’ en AAO tot Nederlands Instituut voor Scheeps- en Onderwaterarcheologie (NISA) samengevoegd en gevestigd in Lelystad.
Het Nederlands Instituut voor Scheeps- en onderwater Archeologie (Alphen a/d Rijn) is het onderdeel van de Rijksdienst voor Oudheidkundig Bodemonderzoek (ROB, Amersfoort), dat is belast met de zorg voor het maritiem archeologische erfgoed. Tevens is het NISA het landelijk aanspreekpunt betreffende scheepsarcheologische vondsten.
Het NISA bestaat uit 2 afdelingen. De afdeling "droge" scheepsarcheologie houdt zich bezig met scheepsarcheologische vondsten op het land, m.n. in de IJsselmeerpolders. De andere afdeling houdt zich bezig met de "natte" scheeps- en onderwaterarcheologie in de Noordzee, Waddenzee en de Nederlandse binnenwateren.
Het ontwerp van het nieuwe gebouw, van de Rotterdammer Kees Christiaanse, lijkt op een scheepsromp die op zijn kop ligt. De grote TV-toren die er vlak naast staat, is als het ware de mast van het schip. Binnen bevindt zich dan het 'dek': de grote vloer over de hele lengte van het gebouw, waar de houten delen van opgegraven of gedoken scheepswrakken worden onderzocht en geconserveerd. Het NISA lijkt niet alleen op een schip; het is ook zo gebouwd. Met spanten en daaroverheen verschillende lagen 'huid'. Eerst stalen platen die stabiliteit aan de constructie geven. Dan een tweede stalen huid als regenjas met isolatiemateriaal ertussen. Vervolgens de buitenste laag van overnaadse planken Red Cedar.