Reductie
Onder leiding van prins Maurits van Nassau verjoeg de Republiek in 1591 de Spaanse troepen uit Nijmegen. Hierbij bestookte Maurits de stad met kanonskogels vanuit fort Knodsenburg aan de overkant van de Waal. Nijmegen gaf zich uiteindelijk over. Dit wordt de 'Reductie van Nijmegen' genoemd. Deze gebeurtenis had grote gevolgen voor het bestuur en het geloof van de stad.
Einde Gelderse periode
De 'Reductie van Nijmegen' wordt vaak gezien als het einde van de 'Gelderse periode' van Nijmegen en het begin van de 'Nederlandse periode'. De stad lag op de grens van de Republiek en was belangrijk voor de verdediging ervan. Het nieuwe centrale bestuur van de Republiek wilde daarom van Nijmegen een trouwe, volgzame stad maken. De burgers hadden altijd grote invloed op het stadsbestuur gehad. Na de Reductie werd deze invloed ingeperkt en kreeg het centrale bestuur van de Republiek veel meer te vertellen.
Godsdienst
Daarnaast voerde de stad direct na 1591 de protestantse godsdienst in. Alleen protestanten mochten nog openbare ambten vervullen. Het katholieke geloof werd verboden en katholieken moesten hun kerken afstaan, bijvoorbeeld de Regulierenkerk (huidige Molenstraatskerk van de Petrus Canisius parochie). Alle katholieke beelden en versieringen werden uit deze kerk weggehaald.
