Dit werd de aanleiding voor de Tachtigjarige Oorlog. Vele katholieke beelden en complete altaren werden verwoest, maar niet in Ruurlo. Hier ging het er rustiger aan toe, zoals dat bij de Achterhoekse volksaard past. Door de Tachtigjarige Oorlog ging de Dorpskerk ook pas later over van katholiek naar protestants.
Johannes Wigelius werd de eerste hervormde predikant in Ruurlo (1598). Hij vertrok al in 1602 al naar Groenlo. De kerk had bij zijn vertrek nog steeds een katholiek interieur. De classis, de hoge vergadering van predikanten uit de streek, publiceerde in 1603 (dus veertig jaar na de beeldenstorm in de rest van Nederland, en zo'n vijf jaar na de reformatie in Ruurlo), de strenge oproep: "dat die beelden, altaren tot Ruyrlo in 't geheel henwechgenomen werden".
Hoe zou de kerk er hebben uitgezien? We weten het niet precies. Er zijn geen schilderijen of tekeningen uit die tijd bekend. Bekend is wel dat Ruurlo twee vicarieën (geldfondsen ter bekostiging van katholieke hulppriesters had, één van St. Anna en de ander van St. Petrus & St. Paulus.Vicarieën waren vaak tastbaar in de kerk aanwezig via speciale altaarhoeken.
Onder de eerste vijf protestantse predikanten in Ruurlo zaten twee broers, de gebroeders Meilinck. De eerste diende hier drie jaar en vertrok naar Eibergen en later Arnhem. De tweede bleef tien jaar in Ruurlo. Met deze Johannes Meilinck is iets bijzonders aan de hand: hij is door de kerk ontslagen. Zijn broer, die toen in Arnhem preekte, trouwens ook.
Beiden werden ervan beschuldigd remonstrants te zijn. Het voert te ver om precies uit te leggen waar het om ging, maar het kwam er op neer dat ze niet de ware dingen verkondigden. Meilinck werd een aantal keren in Zutphen gehoord door zijn collega's. Er werd een commissie ingesteld die de zaak moest onderzoeken. Meilinck bleef bij zijn standpunten. Nadat hij was ontslagen, kwam zijn opvolger Matthias Caesarius. Die was tenminste recht-in-de-leer. Caesarius zat nota bene in de onderzoekscommissie die het ontslag van Meilinck inleidde. Caesarius diende hier bijna dertig jaar, tot 1646. In zijn periode was er rust in de kerkgemeenschap
