Is er over de kerk vóór de tijd van de reformatie weinig bekend, meer duidelijkheid over het wel en wee van de katholieken komt er na 1580. In dat jaar werd elke godsdienst, anders dan de gereformeerde, verboden. De openbare uitoefening van de katholieke godsdienst was blijkbaar in die tijd ook op Ameland verboden en men hield in het geheim kerkdienst in de kelder van een huis aan de Torenstraat.
Uit diverse bronnen is bekend dat tussen 1587 en 1627 geen Rooms-Katholieke zielszorg werd beoefend op het eiland. De erfheren Van Cammingha waren weliswaar allemaal niet even protestant, maar de Rooms-Katholieke religie werd verboden. Na 1627 komt daar een kentering in en dat is het startsein voor de vaste missie-statie van de Jezuïeten. Deze godsdienstvrijheid leidde er toe dat er in 1630 (anderen noemen het jaar 1645) in Nes een kerkje werd gebouwd dat aan St. Clemens, de patroon van de zeevaarders, was gewijd. In 1646 kwam in elk geval de eerste vaste bedienaar van deze missiepost. Dit kerkje, dat aan de Ballumerweg staat, is gebruikt tot de huidige St. Clemenskerk gereed kwam in 1879. In 1832 vond de laatste verbouwing plaats, terwijl de kerk tegenwoordig als boerderij dienst doet.
Ameland kende veel pastoors, van wie Otgerius Antonius Scholten een van de bekendsten was. Hij vervulde zijn ambt op Ameland meer dan vijftig jaar en was de bouwpastoor van de kerk aan de Kardinaal de Jongweg in Nes.
Clemenskerk
De Neogotische kerk uit 1878 werd ontworpen door de architect Pierre Cuypers. De bouw van de kerk is begonnen in 1878 en in oktober 1879 werd de kerk plechtig ingewijd. De kosten voor de bouw bedroegen 17.000 gulden.
De eenbeukige kerk met dakruiter heeft een hoog dak met een overhangende dakrand. De kerk bestaat voor een groot deel uit houten constructies die in Cuypers' atelier in Amsterdam werden gemaakt en pas in Nes werden geassembleerd. De kerk is rond 1958 uitgebreid met twee lage transepten onder architectuur van Herman van Wissen. Het hoogaltaar is uit 1885 en de gebrandschilderde ramen uit 1897. De kerk is een rijksmonument. De kerk staat aan de Kardinaal De Jongweg, vernoemd naar de in Nes geboren Johannes de Jong (1885-1955).
Door brand verwoest
De kerk werd in de vroege ochtend van 5 februari 2013 geheel door brand verwoest. De pastorie en een bijgebouw bleven wel behouden. De kerk is herbouwd en sinds eind 2016 weer in gebruik.
Bronnen:
Uit de geschiedenis van de Amelander kerken
"Rij d'r eens langs! Reisgids langs Amelander Kerken en Zerken', door J.H. Strubbe.