Het Nederlandse opperbevel had een plan klaar liggen om de stad Rhenen te evacueren bij een eventuele oorlog. Men was zich er maar al te bewust van, dat hier wel eens een belangrijke veldslag kon plaatsvinden. In het hele gebied van de Grebbelinie moesten bijna 100.000 mensen in veiligheid worden gebracht. De mensen uit Rhenen zouden per boot naar Goeree en Overflakkee worden vervoerd, en daartoe was al maandenlang contact geweest met de gastgemeenten. Ook het vee zou naar het westen worden verscheept. In april 1940 lagen de schepen gereed. Er zouden slechts 500 mensen in de stad achterblijven voor de noodzakelijkste diensten. Meteen in de vroegte van de 10de mei gingen de mensen aan boord. Aan het einde van de dag vertrokken de schepen, maar omdat inmiddels door luchtlandingstroepen rond Rotterdam gevochten werd, was het niet veilig verder te gaan. De mensen moesten aan boord blijven en daarop was niet gerekend. Het zal niet aangenaam geweest zijn. Pas twee dagen later werd men rond Krimpen aan de Lek ondergebracht.
Rhenen had zwaar te lijden onder de oorlogshandelingen. Een groot deel van de binnenstad werd in puin geschoten. Snel na de capitulatie werden plannen gemaakt om de stad te herbouwen. Eind 1942 was het herstel zo goed als gereed. Toen sloeg het noodlot opnieuw toe: in september 1944 werd de Slag om Arnhem gestreden. Rhenen moest opnieuw worden geëvacueerd en de laatste oorlogsmaanden werd de stad opnieuw onder vuur genomen. Dat betekende opnieuw grote schade: dit keer werden ook de Cunerakerk en toren geraakt. Het jaar 1946 stond dus opnieuw in het teken van de wederopbouw.