In 1816 legde koning Willem I aan de Nederlandse Hervormde Kerk een nieuwe bestuursorganisatie op, waarbij hij zichzelf het hoofd van de kerk maakte en zich grote bevoegdheden toekende, onder meer ook het recht om een beroep dat door een predikant was aangenomen, goed of af te keuren. In 1828 ontstond in Den Ham een vacature, die de kerkenraad wilde vervullen met een beroep op de rechtzinnige predikant dominee Henschen uit Schüttorf, nabij Bentheim. De vrijzinnige predikanten uit Ommen, Hellendoorn en Dalfsen wisten te bereiken dat koning Willem I hier zijn goedkeuring aan onthield. Kort daarna werd een beroep op een vrijzinnige predikant erdoor gedrukt, namelijk dominee Bakker, die tot zijn dood in 1866 in Den Ham zou blijven. In zijn tijd vond in Den Ham de Afscheiding plaats.
De Afscheiding en dominee Van Raalte
Het begin van de Afscheiding vond plaats in het Groningse Ulrum, waar dominee Hendrik de Cock in oktober 1834 samen met zijn gemeente de Hervormde Kerk, die zij veel te vrijzinnig vonden, verliet. Dit voorbeeld werd door velen gevolgd, ondanks vervolging door plaatselijke en regionale overheden. Ook in Den Ham kwamen er volgelingen. De eerste gemeente was nog maar klein. In de verklaring waarmee zij aan de hervormde gemeente kenbaar maakten dat zij zich afscheidden stonden de namen van 29 leden. Bij de stichting van de gemeente op 17 mei 1836 werd een belangrijke rol vervuld door dominee A.C. van Raalte, die kon worden gezien als de leider van de Afgescheidenen in Overijssel. Na een door hem geleide bijeenkomst in Ommen braken daar rellen uit en Van Raalte werd daarna op 19 november 1836 tijdens een kerkdienst in Den Ham gearresteerd. Hij werd naar Ommen gebracht en de dag daarop te voet naar Deventer. Daar werd "de onruststoker en verdeeldheidsopwekker" weer vrijgelaten. Dominee Van Raalte was tot 1842 predikant in Den Ham. Hij werd opgevolgd door zijn zwager, dominee C.G. de Moen.
Kerkgebouw
De Afgescheidenen vergaderden eerst in particuliere woningen, zoals die van Mannes Boers in Noord Meer. In 1840 werd de havezate Mennigjeshave, althans datgene wat daarvan nog resteerde, gekocht door de gemeenteleden. Het noordelijke bouwhuis werd als kerk in gebruik genomen. Vanwege groei van de gemeente werd in 1870 besloten tot het bouwen van een nieuwe kerk. In de loop van de jaren werd deze kerk enkele malen uitgebreid en in 1939 van een toren voorzien. In 1978 volgde weer een besluit tot nieuwbouw. Deze nieuwbouw aan de Ommerweg betekende een ruime kerkzaal met daarnaast volop ruimte voor kerkelijke activiteiten. Dit kerkgebouw van de Gereformeerde Kerk werd in gebruik genomen in april 1980. Landelijke bekendheid kreeg het gebouw door het plaatsen van 52 zonnepanelen in de vorm van een kruis op het dak. De jaarbasis werd geschat op 11.000 kWh stroom.
Dominee Seine Bolks
Een ander voorman van de Afscheiding was Seine Bolks. Hij werd 13 april 1814 geboren op de "Fleerboer" te Linde, een buurschap in Den Ham. Zijn vader, die (keuter-) boer was, overleed toen Seine nog heel jong was. De kinderen moesten daarom al jong in het bedrijf bijspringen. Voor Seine betekende dat dat hij de schapen moest hoeden. Zijn moeder gaf hem dan de bijbel mee. Die bijbelstudie zou het verloop van zijn leven bepalen. De moeder van Seine behoorde tot degenen die zich in 1836 afscheidden. De voorganger van de afgescheiden gemeente in Hellendoorn was te zwaar belast. Hij kende Seine Bolks en was onder de indruk van zijn geloof en bijbelkennis. Na een korte theologische opleiding zou hij geschikt kunnen zijn om de gemeente in Hellendoorn te leiden. Bolks voelde daar wel voor. In Ommen was Van Raalte net begonnen met een theologische opleiding voor afgescheiden predikanten. Bolks werd een van zijn eerste studenten. In Den Ham verrichtte hij toen ook al kerkelijke werkzaamheden. De studie nam 2 jaar in beslag. Op 14 december 1841 deed hij met succes examen. Op 19 december 1841 werd Bolks door dominee Van Raalte bevestigd als eerste predikant van de gemeente Hellendoorn. In juli 1838 was hij inmiddels getrouwd met Geertien Brouwer uit Den Ham. Tegelijk met de bevestiging nam de gemeente Hellendoorn ook een eigen kerkje in gebruik, in de volksmond "het fiene karkie" genoemd.
Naar Amerika
In de jaren 40 van de 19de eeuw waren de economische omstandigheden heel slecht: veepest en aardappelziekte hadden bittere armoe en ziekte tot gevolg. Voor de Afgescheidenen kwam daar nog bij dat ze in de beleving van hun godsdienst niet vrij waren. Kerkdiensten werden verstoord en predikanten kregen hoge boetes als ze te veel mensen onder hun gehoor hadden. Amerika leek het land van de vrijheid en van de grote economische mogelijkheden. Door daar als groep heen te gaan kon men zijn eigen godsdienstige en culturele identiteit bewaren. In 1846 vertrok allereerst Van Raalte met een gezelschap Afgescheidenen oftewel gereformeerde landverhuizers naar de Verenigde Staten, waar ze in Michigan een Nederlandse kolonie stichtten met de naam Holland. In 1847 besloot dominee Seine Bolks om als leider van de landverhuizers uit Hellendoorn en omgeving het voorbeeld van zijn leermeester Van Raalte te volgen en naar Amerika te vertrekken. Vrijwel de gehele afgescheiden gemeente van Hellendoorn maakte daar deel vanuit en ook enkele gezinnen uit Den Ham. Op 18 augustus 1847 vertrokken zij en pas in juni 1848 kwamen zij in Michigan aan. Zij stichtten de nederzetting die eerst Hellendoorn, maar al vrij snel Overisel werd genoemd.
De Vrijmaking in Den Ham
Ruim 100 jaar na de Afscheiding vond er nog een kerkelijke afsplitsing plaats in Den Ham. Het voorspel voor deze zogeheten Vrijmaking was al begonnen in de jaren 1942-1945. Onder leiding van prof. dr. K. Schilder ontstond een nieuwe landelijke reformatorische beweging, die ook in Den Ham haar weerslag had. In Den Ham was het aanvankelijk vrij rustig, al waren er wel leerverschillen. Na besloten vergaderingen bleek in januari 1946 dat 65 leden van de gereformeerde kerk, die bezwaren hadden over de leer, zich tot hun synode hadden gewend. Uiteindelijk bleef er een groep van dertig leden over, die het verzoek deed het verband met de gereformeerde kerk te verbreken. Feitelijk vond de Vrijmaking in Den Ham plaats op 21 juli 1946, toen onder leiding van de kerkenraad van Daarlerveen een kerkdienst werd gehouden bij de familie L. Plaggenmars. In het voorjaar van 1947 werd de balans opgemaakt. Er waren 164 leden uit de gereformeerde kerk van Den Ham vertrokken. Uit de namen bleek dat de verontrusting ook in familieverhoudingen van grote invloed was geweest (101 personen behoorden tot drie families). In 1947 werd dominee J.J. van de Hoek als eerste predikant van de nieuwe kerk beroepen. Aan de Marleseweg werd een terrein aangekocht, waar eerst een pastorie werd gebouwd en daarna een kerk verrees, die in 1951 in gebruik werd genomen. In 2000 werd deze kerk aanzienlijk uitgebreid en heette toen Gereformeerde Kerk Vrijgemaakt De Fontein. In 1969 vond er een afsplitsing plaats binnen de GKV in Nederland waardoor de Nederlands Gereformeerde Kerken ontstond met een vestiging in Nijverdal. Een deel van de gemeente leden maakten de overstap naar Nijverdal. Op 1 mei 2023 zijn deze twee kerken weer samengevoegd onder de naam Nederlandse Gereformeerde Kerk "De Fontein'' met 512 leden (najaar 2023).
