De Reformatie of Hervorming was aanvankelijk alleen maar bedoeld als een zuivering van de misbruiken in de rooms-katholieke Kerk. Het liep uit op een volledige breuk met Rome. De beweging nam een aanvang toen Luther in 1517 zijn 95 stellingen aanplakte op de kerk van Wittenberg. De Reformatie verbreidde zich tijdens de Tachtigjarige Oorlog, van 1568-1648, over de Lage landen. In 1591 kwam in Holten de grote ommekeer toen Prins Maurits zich meester maakte van Deventer. Daarmee kwam de weg vrij voor de classis Deventer om gereformeerde gemeenten te stichten in die plaatsen die tot haar werkkring behoorden. Dat waren Olst, Wesepe, Bathmen, Holten, Goor, Markelo, Diepenheim, Rijssen en Delden.
Uit de kerk, in het huwelijk
In 1598 verliet pastoor Herman Bushof uit Holten de katholieke Kerk, legde belijdenis af van zijn geloof te Deventer en trad in het huwelijk met zijn minnares. Onbekend is wat bij deze keuze de doorslag gaf: zijn geloof of zijn geliefde. Feit is dat hij op die manier de weg baande voor de reformatie in Holten, hoewel lang niet alle inwoners zo resoluut afstand van de katholieke Kerk zullen hebben genomen. De Bushofstraat is naar de eerste predikant van Holten vernoemd. Bushof vertrok al spoedig als predikant naar Olst. De drost van Salland was een groot voorstander van de Reformatie en stelde Johannes Smit aan om in Holten en Markelo de nieuwe leer te verkondigen. Al in 1601 werd deze naar elders beroepen. In 1602 was er weer een pastoor, namelijk Johannes Ketteler. In november van dat jaar gaat ook hij over tot de nieuwe religie. In 1604 komt Christoffel Hallein als predikant naar Holten.
Onrust en verwarring
Zowel de Reformatie als de Tachtigjarige Oorlog bracht veel onrust en verwarring met zich mee. Tussen 1604 en 1608 veroverden de Spanjaarden weer terrein. In Twente nam de katholieke geestelijkheid weer bezit van de kerken en pastorieën. In 1605 vluchtte predikant Christoffel Hallein, in verband met de komst van de Spaanse troepen onder Spinola, naar Deventer. De vacature werd in 1607 vervuld door de komst van predikant Joannes Rhedemannus. Hij bleef tot zijn overlijden in 1627 in functie. Tijdens het Twaalfjarig Bestand (1609-1621) konden de rooms-katholieken hun positie in grote delen van het aanpalende Twente consolideren. Rond 1660 namen de markegenoten van Holten het recht van de drost van Salland over om de predikanten te benoemen.
