Na 1626 behoorde heel Twente definitief tot de Republiek. Daarna vonden in deze streken geen oorlogshandelingen meer plaats. Enschede vierde dan ook op 16 mei 1648 feestelijk de overeengekomen Vrede van Munster. Maar de rust was van beperkte duur. Op 22 en 29 september 1665 werd de stad vanuit Ahaus geplunderd en daarna veroverd door een leger van Bernhard von Galen. Deze vorst-bisschop van Munster was ook in eigen land beter bekend als "Bommen Berend". Von Galen deed, na een verdrag met Engeland te zijn aangegaan, pogingen in het noorden van het land een bruggenhoofd voor de Britten te vestigen. Het plan mislukte en de bisschop moest zich terugtrekken. In 1666 werd vrede gesloten.
Enschede Munsters
Op 1 juni 1672 viel het Munsterse leger opnieuw binnen. Nog dezelfde dag werd Enschede bezet. In deze Tweede Munsterse Oorlog veroverde de bisschop - in samenwerking met de vorsten van Engeland, Frankrijk en Keulen - geheel Gelderland, Overijssel en Drenthe. De Staten van Overijssel erkenden hem als landsheer en zegden hun verbintenis met de Republiek op. De Fransen bezetten de zuidelijke gewesten en Utrecht. Volgens het bekende gezegde "was de regering radeloos, het volk redeloos en het land reddeloos".
Wolven
Door alle orlogshandelingen, de stropende militairen en door de pest raakte het platteland bijna ontvolkt. Daardoor kwamen er weer meer wolven in Twente. In 1675 werd de premie voor het vangen of doden van een wolf verhoogd tot "50 Karolusguldens voor een rekel, 60 voor een moerwolf en 15 voor een jonge wolf". Uit deze tijd dateren de vele volksverhalen over wolven die een nest jongen in de bedstee van een boerderij wierpen; de berkenbomen die uit de schoorsteen groeiden; of het verhaal dat degene die vuur in de haard maakte, daarmee ook eigenaar van het boerenerf was geworden.
Doopsgezinden
Tijdens het bewind van Bisschop Bernard van Galen hadden de doopsgezinden het erg zwaar. Veel doopsgezinden werkten in de linnenhandel. Ze vluchtten naar Twente en de Achterhoek, maar ook daar kreeg Bommen Berend het tijdelijk voor het zeggen. Ze "doken onder" en hielden hun godsdienstoefeningen op boerderij de Haimer in Twekkelo, hoewel ze dat officieel al sinds 1631 in "alle stilligheid en moderatie" mochten doen. Ze lieten hun huwelijken niet in een protestantse- of katholieke kerk sluiten en kregen op zeker moment toestemming om dat door een richter te laten doen, ten overstaan van "keurnoten". Gelukkig zijn hun doop en trouwboeken bewaard gebleven.
Aftocht
Bommen Berend slaagde er niet in de stad Groningen te veroveren. Die nederlaag was voor hem het letterlijke keerpunt van zijn veroveringen. In april 1674 werd de oorlog met Munster beëindigd, waarna Bommem Berend zich terugtrok uit Twente. De prins-bisschop had er in die twee jaar alles aan gedaan om de positie van de rooms-katholieke kerk te herstellen. Zo werd de Grote Kerk in Enschede weer teruggegeven aan de katholieken. Het platteland had erg te lijden onder het oorlogsgeweld. In de loop van de jaren werd nogal eens "gemene grond" verkocht om de hoge afdrachten aan de Staten van Overijssel te kunnen betalen.
Nieuw stadswapen
De Duitse grensgebieden bleven door de eeuwen heen van groot belang voor Enschede. Er was veel handel, verkeer en wederzijdse contact. Het stadszegel van Enschede werd in 1670 gewijzigd. De afbeelding van een heiligenfiguur werd vervangen door een stadswapen met het slaghek. Het randschrift luidde: "sigillum civitatus Enscheidensis" (stadszegel van Enschede). Het slaghek staat symbool voor de grens tussen Overijssel en het Munsterland.