Dat bescherming in roerige tijden geen overbodige luxe was, bleek uit ervaringen van Harderwijker schippers. In 1300 werd bijvoorbeeld een schadevergoeding geregeld met de stad Lübeck. Harderwijker schippers waren door manschappen van Lübeck bij het eiland Rügen van hun lading hout beroofd.
Kooplieden uit Harderwijk waren actief binnen de Hanze. Harderwijker schippers voerden graan, hout, bier en vis aan uit het Oostzeegebied en uit Pruisen. Deze goederen gingen via Harderwijk onder andere naar Arnhem en Keulen. Harderwijk behoorde tot de kleinere Hanzesteden, maar speelde wel degelijk een stevige rol in dit verbond. Gegevens uit 1494 tonen aan dat Harderwijk ongeveer evenveel 'contributie' aan de Hanze betaalde als Zwolle en Riga, de tegenwoordige hoofdstad van Letland. Belangrijke Hanzesteden als Keulen en Lübeck droegen tweeënhalf keer zoveel bij. Harderwijk blies dus een aardig partijtje mee.
Op 26 september 1316 gaf de Deense koning Erik aan Harderwijker kooplieden op de markt in Skanör, een stadje in Zuid-Zweden, een eigen vitte of plaats waar zij konden wonen. Zo'n vitte was feitelijk een stukje Harderwijk in Zweden, een soort buitenpost van onze stad.
Het belangrijkste scheepstype in die tijd was de kogge. Het schip had een hoge voor- en achtersteven en meestal één mast. In de bloeitijd van de Hanze werd het daarnaast ook als oorlogsschip gebruikt. In de dertiende eeuw was de kogge een grote vernieuwing in de scheepvaart. Het schip was groter en zeewaardiger dan zijn voorgangers en had goede zeilcapaciteiten. Het oudste stadszegel van Harderwijk stelt een kogge voor met naast de mast een zespuntige ster en boven in het zegel de vijfbladige Gelderse roos. Het randschrift luidt Sigillum Burgensium de Herderwuvich: zegel van de burgers van Harderwijk.
Piraterij was een groot probleem. In 1387 kaapten Noorse zeerovers het schip van de Harderwijker Tidemans. Hij had geluk en bracht het er levend vanaf. Rond 1400 besloot de Hanze om de piraten aan te pakken. Er werd een vloot van negen bewapende koggen bijeengebracht. Kampen, Deventer, Zutphen, Harderwijk en Elburg rustten gezamenlijk een kogge uit. In een zeeslag op de Wester-Eems bracht de Hanzevloot de piraten een zware klap toe. De Hamburger kogge nam tweehonderd zeerovers gevangen, van wie er tachtig zonder pardon overboord werden gesmeten. Piratenaanvoerder Niklaus Störtebeker vluchtte met 114 van zijn mannen naar de Hollandse graaf Albrecht van Beieren. De Hanze liet het er niet bij zitten en bracht een nieuwe vloot bijeen. Een zeegevecht bij Helgoland in 1401 was fataal voor de piraten. Veertig sneuvelden en drieënzeventig werden gevangengenomen. Kapitein Simon von Utrecht van de Hamburgse kogge Die bunte Kuh veroverde Störtebekers schip. Op 20 oktober 1401 werd de piratenleider in Hamburg staande onthoofd.
In de Hanzewaard van de wijk Stadsweiden zijn de straatnamen vernoemd naar plaatsen en begrippen uit de tijd van de Hanze. In het jaar 2007 werd Harderwijk als 165e lid in het opnieuw opgerichte Hanzeverbond opgenomen.
