Op een plaquette op een van de zijmuren van de kerk is te zien dat de kerk vroeger veel groter was dan tegenwoordig. Het was de grootste kerk van de provincie Gelderland. Zoals veel kerken was ook deze gebouwd in de vorm van een kruis.
Op het vlak van twaalf bij twaalf meter bovenop de toren werden 's avonds takkenbossen in brand gestoken, zodat de vissers Harderwijk altijd konden terugvinden, zeker als het vroeg donker werd. De kerktoren deed dus ook dienst als vuurtoren.
In de achttiende eeuw werd geregeld gewaarschuwd dat de toren moest worden opgeknapt omdat hij aan het verzakken was. In het stadsarchief zijn tekeningen te zien waarop de scheuren in de muren van de toren nauwkeurig zijn aangegeven. Het gevaar werd dus wel degelijk serieus genomen. Zeer waarschijnlijk heeft men de toren gerestaureerd, maar niet deskundig genoeg.
Op zaterdag 28 januari 1797, 's morgens om een uur of tien, stortte de toren met donderend geraas in. Door het geweld van het vallend puin kwam twee uur later ook de zogenaamde 'lange poot van het kruis' naar beneden. De graven op het kerkhof sprongen open. In Harderwijk dacht men dat de dag van het Laatste Oordeel was aangebroken en de doden werden opgewekt. Een geluk bij dit ongeluk was dat het op een zaterdag gebeurde en niet een dag later, want dan zouden honderden mensen tijdens de kerkdienst om het leven zijn gekomen.
Een van de muren van de kerktoren was blijven staan. Men besloot die omver te laten schieten. Er werd een scheepskanon georganiseerd van het model dat nu op de Plantage staat. Dat kanon was echter veel te licht, de kogels hadden geen effect.
Uiteindelijk moest er een kanon uit Zutphen, een zogenaamde vierentwintigponder, aan te pas komen om met maar liefst 48 schoten de westgevel van de toren omver te halen. Die beschieting zouden de Harderwijkers zich nog lang heugen. De kanonniers schoten erg onnauwkeurig, waardoor lang niet alle kogels het gewenste doel troffen. Veel kogels ketsten af en stuiterden met hoge snelheid rond. Het dak van de kerk en alle woningen in de buurt raakten zwaar beschadigd.
Het puin van de toren en de kerk lag nog geruime tijd vóór de kerk, geld voor een nieuwe toren was er niet. Op 1 maart accepteerde het stadsbestuur het aanbod van Heribert van Westervelt om de kerk op zijn kosten te laten herstellen. Dit besluit is als volgt opgetekend. 'De voorzitter gaf kennis deezes buitengewoonen vergadering te hebben laten beleggen uit hoofde dat hij voorzitter van den secretaris vernomen had, dat de Burger H. van Westerveld had te kennen gegeven in staat te kunnen zijn een plan te suppediteeren (aan te bieden), waardoor de kerk buiten 's stads onkosten, gerepareerd en bruikbaar ter oeffening van den gereformeerden Godsdienst konde gemaakt worden.' De genoemde burger was Heribert van Westervelt tot Salentijn, kleinzoon van de bekende Heribert van Westervelt, vele malen burgemeester van Harderwijk. Met het geld van Van Westervelt werd een nieuwe westgevel gebouwd. De contouren van het verwoeste gedeelte van de kerk zijn te zien in het plaveisel van het Kerkplein. Feitelijk staat er nu dus een verminkte Grote Kerk op het Kerkplein.
