Proklamasi. Kami bangsa Indonesia dengan ini menjatakan kemerdekaan Indonesia...
Mi, narod Indonezije, ovime proglašavamo nezavisnost...
Tako je 17. avgusta 1945. godine tokom kratke svečanosti na ulicama Džakarte, Sukarno svetu stavio do znanja da je kolonijalnoj vlasti u Holandskoj istočnoj Indiji došao kraj. Dva dana ranije, Japan je kapitulirao nakon što su na Hirošimu i Nagasaki bačene atomske bombe. Time je ujedno završen Drugi svetski rat u Aziji.
U Indoneziji je još pre rata bio široko rasprostranjen pokret koji se borio za pravo na samoopredeljenje. Vođe poput Sukarna, Mohamada Hate i Sutana Šahrira, zalagale su se za nezavisnost od Holandije, dok su drugi želeli samo više autonomije. Međutim, holandske vlasti su i dalje držale Indoneziju pod kontrolom.
A onda je, 1942. godine, Japan napao Indoneziju. Saveznici su 27. februara izgubili bitku na Javanskom moru, a 8. marta je usledila i kapitulacija. Vojnici su postali ratni zarobljenici, većina Holanđana zatočena je u civilne logore, a mnogi muškarci su slati na prisilni rad. Japanci su raspustili administraciju Holandske istočne Indije i zapravo stavili tačku na njeno postojanje.
Nakon 1945. godine Holandija je pokušala da ponovo uspostavi kolonijalnu vlast pregovorima i primenom sile (putem dve tzv. policijske akcije). Međutim, 27. decembra 1949. godine, pod ogromnim međunarodnim pritiskom, Holandija je morala da se pomiri sa indonežanskom nezavisnošću. Jedino je Nova Gvineja ostala holandska sve do 1962. godine kada su je predali. Nova Gvineja se nakon prelaznog perioda pod nadzorom Ujedinjenih nacija i kontroverznog plebiscita među Papuancima konačno pripojila Indoneziji 1969. godine kada su granice današnje Republike Indonezije postale iste kao granice kolonijalne Holandske istočne Indije.
Tokom borbe za nezavisnost obe strane su se žestoko borile. Do šezdestih godina zemlju je napustilo oko 300.000 Holanđana, indonežanskih Holanđana, Papuanaca i Indonežana. Većina njih je otišla u Holandiju, uključujući i dvanaest i po hiljada moluških vojnika iz bivše Kraljevske holandsko-istočnoindijske vojske (KNIL) sa porodicama. Godine 1951. su došli u Holandiju, gde je okončana njihova vojna služba.
Period dekolonizacije i dalje nije prošlost. Prilikom proslave šezdesetogodišnjice indonežanske nezavisnosti 2005. godine, učešćem ministra spoljnih poslova Bota, Holandija je priznala da Indonezija nije postala nezavisna država 1949. godine, već 17. avgusta 1945. godine. Bot je tada takođe izrazio žaljenje zbog toga što se Holandija "našla na pogrešnoj stranici istorije", i time mnogima nanela zlo. Za sve u Holandiji kojih se ovo pitanje tiče, bila je ovo važna, donekle konfrontirajuća, izjava.