In de 17de eeuw zijn de wegen slecht en vervoer vindt hoofdzakelijk plaats over water. Een belangrijke rol is weggelegd voor de trekschuit, een vaartuig dat vanaf de walkant wordt voortgetrokken. Om het transport tussen Holland en Utrecht te verbeteren, besluiten Utrecht, Woerden en Leiden in 1663 de bestaande verbinding over water te verbeteren. Vanaf de Catharijnepoort (Centrum Utrecht) naar buitenplaats Oog in Al wordt een nieuwe vaart gegraven, die aansluit op de bestaande vaarroute richting De Meern. Via de oude ontginningswetering tussen De Meern en Harmelen vervolgt de vaart zijn route om aan te sluiten op de Oude Rijn. De totale lengte is circa 10 kilometer.
De nieuwe wetering is overal ongeveer 7½ meter breed en langs de vaart ligt een jaagpad, zodat over het gehele traject trekpaarden gebruikt kunnen worden. De nieuwe vaart heet de Leidse Rijn, omdat deze doorloopt naar Leiden. Niet langer hoeven de schepen tussen Holland en Utrecht een omweg via de kronkelende Vleutense en de Alendorper Wetering langs Vleuten.
Over de Leidse Rijn vaart tussen Utrecht en Leiden driemaal daags een trekschuit. De gehele tocht duurt ongeveer acht uur. Een tocht van De Meern naar Utrecht kost dan voor passagiers 2¼ stuivers, van De Meern naar Harmelen 3 stuivers en naar Leiden 19 stuivers. Tienduizenden reizigers maken gebruik van de trekschuit op dit traject tot dat de spoorlijn komt en stopt in Harmelen en Vleuten.De rechte Leidse Rijn voorziet in een grote behoefte voor vracht en personenvervoer.
En nog steeds ligt de Leidse Rijn er, maar wordt deze niet meer gebruikt voor vracht of personen vervoer. Hooguit voor recreatievaart en wordt ze gebruikt voor de waterhuishouding in het Groene Hart bij grote droogte dmv de sluisjes vlakbij het Amsterdam Rijnkanaal.
