De patriotten hadden gehoopt een zelfstandige, democratische staat te stichten, de Bataafse Republiek. De Franse invloed bleef echter groot en de belangen van de machtige beschermer vielen lang niet altijd samen met die van de Bataven. Een opvallend monument dat aan deze tijd herinnert is de Pyramide van Austerlitz, opgeworpen door Franse soldaten.
De Bataafse Republiek was in 1795 gesticht met hulp van de Franse legers en bleef een vazalstaat van Frankrijk. Napoleon Bonaparte kwam in Frankrijk als alleenheerser aan de macht en wilde heel Europa overheersen. Als generaal was hij zeer succesvol en won tegen de Oostenrijkers, Pruisen en Italianen belangrijke veldslagen. Alleen Engeland bleef buiten schot. De Bataafse Republiek zag hij vooral als een bondgenoot, die geld en soldaten diende te leveren. De democratische beginselen mochten daarvoor geen hindernis vormen.
Toen de Bataven in zijn ogen niet volgzaam genoeg waren en een Engelse aanval dreigde, stuurde Napoleon eind 1803 troepen naar de Republiek. Aanvankelijk werden 18.000 soldaten in openbare gebouwen en bij burgers ingekwartierd. Uiteraard diende de Bataafse regering de kosten hiervan op zich te nemen. De Franse bevelhebber Auguste de Marmont (1774-1852) vond dat hij te weinig overzicht had over zijn troepen nu ze zo verspreid waren en richtte op de heide bij Zeist een enorm legerkamp in. Als oefening liet de generaal zijn soldaten ter ere van keizer Napoleon in de huidige gemeente Woudenberg een 23 meter hoge piramide bouwen met daar bovenop een houten obelisk van 13 meter: de Pyramide van Austerlitz, genoemd naar de plaats waar Napoleon in 1805 een veldslag won.
In 1810 werd de Bataafse Republiek ingelijfd bij Frankrijk. In 1811 bezocht de Franse keizer Napoleon Bonaparte zijn nieuwe gebieden. Hij bracht onder andere een bezoek aan Amersfoort. Napoleon reikte te hoog: zijn veldtocht naar Rusland mislukte volkomen en zijn trotse leger kwam haveloos en gedecimeerd terug. De Russen trokken naar het westen op. In 1813 werden de Franse troepen door de Kozakken uit de provincie Utrecht verdreven.
Als deel van het keizerrijk hadden de Nederlanders te maken gekregen met de vernieuwingen die in Frankrijk werden ingevoerd. Zo vonden op gemeentelijk niveau diverse bestuurlijke veranderingen plaats. Zo werd in 1812 de gemeente Stoutenburg samengevoegd met Hoevelaken en werd die samenvoeging in 1814 weer ongedaan gemaakt. En in 1811 werden Eemnes-Buiten en Eemnes-Binnen één gemeente. Ook na het vertrek van de Fransen bleef veel van hun erfenis behouden, zoals het kadaster, de burgerlijke stand en een nieuw wetboek.
