In juni 1996 stellen Gedeputeerde Staten voor de gemeente Vleuten-De Meern en de polder Rijnenburg (dan nog onderdeel van de gemeente Nieuwegein) bij Utrecht te voegen. Hun belangrijkste motivatie is dat alle bouwlocaties dan onder verantwoordelijkheid van één gemeente vallen.
De gemeente Utrecht steunt dit plan. De gemeentekas is leeg en de extra inkomsten uit de bouwprojecten bij Vleuten en De Meern kan Utrecht goed gebruiken. Gemeente Vleuten-De Meern is tegen en besluit uit protest direct alle bouwactiviteiten op haar grondgebied stil te leggen.
Referendum
Boze bewoners blazen de actiegroep Vleuten-De Meern Zelfstandig nieuw leven in. Gemeente Vleuten-De Meern verzet zich met hand en tand tegen de annexatie. Bij een referendum op 28 oktober 1996 spreken de inwoners van Vleuten-De Meern zich massaal uit tegen samenvoeging met Utrecht. De opkomst is 84 procent en 98 procent stemt tegen opheffing van de gemeente.
Over stag
Onder zware druk van de regering en een dreigende schadeclaim van projectontwikkelaars besluit de gemeenteraad van Vleuten-De Meern niet langer dwars te liggen. Wel probeert de gemeente de annexatie uit te stellen totdat Leidsche Rijn geheel is afgebouwd. Dat zal nog tientallen jaren duren en dat biedt alle partijen de tijd om tot andere inzichten te komen.
Eén stem verschil
Er volgen jaren van protesten en actievoeren. Het mag allemaal niet baten. Na de Tweede Kamer stemt op 19 juli 2000 de Eerste Kamer met één stem verschil in met inlijving van Vleuten-De Meern bij Utecht. Op 1 januari 2001 houdt de gemeente Vleuten-De Meern met circa 16.000 inwoners op te bestaan.