Dan volgt een indrukwekkende carrière in Indische dienst. Zo wordt Van Rees resident van het rijke gewest Soerabaja. Hij klimt verder op tot vice-president van de Raad van Indië, de toenmalige Indische regering. Ten slotte brengt hij het tot gouverneur-generaal. De allerhoogste bestuursfunctie in Indië.
Van Rees is een oud-collega van Eduard Douwes Dekker, alias Multatuli. Net als de auteur van Max Havelaar (1860) komt hij op voor de onderdrukte inlanders. De Nederlandse regering staat echter huiverig tegenover de hervormingsideeën van Van Rees. De grote winsten uit Indië zijn hard nodig om dure projecten als het nieuwe spoorwegennet te financieren.
Pas na de dood van Otto van Rees zal met de 'ethische politiek' pas echt werk worden gemaakt van de politieke en economische zelfstandigheid van de inlander.
