De Bataafs-Franse tijd van 1795-1813 was een heel andere periode dan de Franse bezetting van 1672-1673. De oude Republiek veranderde in de Bataafse Republiek, maar bleef behoorlijk zelfstandig. Toen Napoleon in 1804 keizer geworden was, begon hij echter de Franse touwtjes strakker aan te halen. Zijn broer Lodewijk Napoleon werd in 1806 koning van Nederland, dat toen Koninkrijk Holland ging heten. Harderwijk kreeg deze koning op 28 juni 1808 op bezoek. Hij logeerde op de Vischmarkt in het pand dat bij dit canonvenster is afgebeeld. Dit huis stamt waarschijnlijk uit 1757. Een eeuw later werd het stevig verbouwd, het is dus nu niet meer het originele huis. Lodewijk Napoleon kwam niet met lege handen. Hij schonk driehonderd dukaten aan de armen en duizend gulden aan de spinschool, die met name bedoeld was om arme meisjes een vak te leren. Verder drong hij erop aan om het plan de haven te herstellen en te verbeteren, met spoed uit te voeren.
Er veranderde veel in de Bataafs-Franse tijd. Onder druk van de Fransen werd Nederland politiek moderner georganiseerd. In 1798 kregen we voor het eerst een grondwet. Er kwam een eind aan de grote zelfstandigheid van de zeven gewesten. Nederland werd veel meer een eenheid dan in de tijd van de Republiek.
Op 8 juli 1810 werd het Koninkrijk Holland bij het Franse Keizerrijk ingelijfd. Napoleon vond dat zijn broer te zelfstandig optrad en maakte een einde aan de Nederlandse onafhankelijkheid. De Fransen voerden in Nederland hun eigen bestuurlijke en rechterlijke organisaties in. Het stadsbestuur verloor tijdens de Franse inlijving veel macht. De rechtspraak werd losgemaakt van het bestuur. De maire (burgemeester) en de adjunct-maire werden niet meer door Harderwijker families gekozen, maar benoemd door de landelijke overheid. Er kwam ook een commissaris van politie, een notaris en een vrederechter. Een vrederechter is een rechter die een conflict probeert op te lossen door mensen die erbij betrokken zijn tot elkaar te brengen, ofwel het conflict te schikken. De magistraat maakte plaats voor een municipale raad, zoals dat toen heette.
Het einde van de Franse bezetting verliep in Harderwijk betrekkelijk rustig. De Franse troepen trokken zich terug zonder veel problemen te maken. Op 22 november 1813 verschenen zeventien (Russische) Kozakken in Harderwijk. De burgemeester werd gedwongen oranje te dragen. Nieuwe eenheden Kozakken eisten levensmiddelen, paarden en wollen stoffen. Bevrijd worden bleek uiteindelijk toch nog een kostbare zaak te worden.
Op 5 december 1813 kwam officieel een eind aan de Bataafs-Franse tijd. Prins Willem werd de nieuwe soeverein (koning) van het Koninkrijk der Nederlanden. Hij was een zoon van de vroegere stadhouder Willem V.
