Benoemingen
Glasius was in die tijd pastoor in Maarssen, maar hij stond ook geregistreerd als predikant. In 1588 werden de pastorie en de kerk aan de Kerkweg voor het eerst in gebruik genomen door een predikant: Gerardus Schepers. Intussen was er strijd over de wijze waarop het calvinisme moest worden ingevoerd. De voorstanders van Statenbemoeienis, de remonstranten, waren voor benoeming van predikanten door de overheid en tegen een strakke, calvinistische religie. De contraremonstranten wensten juist een strakke, kerkelijke organisatie en kerkelijke, onafhankelijke benoeming van predikanten. Op landelijk bestuurlijk niveau: Oldenbarnevelt was een remonstrant en prins Maurits, toen stadhouder van Utrecht, was een contraremonstrant.
De Staten van Utrecht stonden achter een libertijnse hervorming met meer religieuze tolerantie. Dit tot ongenoegen van de contraremonstranten, want volgens hen bleven de ‘predikanten-pastoors’ op het platteland van ’t Sticht tot 1619 ‘onder ’t decksel van de Reformatie’ doorgaan met de ‘papistische superstitiën en de misbruycken’.
Streng calvinisme
Tijdens de Dordtse Synode (1618/19) kozen de Utrechtse Staten alsnog vóór de harde, synodale lijn van hervorming. Ze moesten wel. Hun eigen soldatenkorps (de Waardgelders) was door Maurits ontmanteld. Oldenbarnevelt was geëxecuteerd in 1618. Bestuurlijke en militaire ambten waren voortaan weggelegd voor de ‘contra’s’. De Utrechtse remonstranten hadden de ‘kleine religie-oorlog’ verloren.
De eerste strenge-stijl predikant in Maarssen was Ludovicus Gerardus van Renesse (van 1620 tot 1638). Hij legde in Maarssen een stevig, calvinistisch fundament. Zijn kerkenraad beoordeelde deelnemers aan het Heilig Avondmaal op onfatsoenlijk en onzedelijk gedrag en ageerde tegen katholieke processies, dat waren immers Bacchusfeesten, en tegen joodse synagogediensten. Dan was er nog de kwestie van de gemengde relaties en huwelijken. Dit was een voorwerp van zorg, want geen doop, geen hemel!
Reactie katholieken
Toen in 1580 de openbare uitoefening van het katholicisme werd verboden, benoemde Rome geen bisschoppen meer en verklaarde de Noordelijke Nederlanden tot missiegebied. Maarssen werd in 1644 een ‘statie’. Naast de zogenaamde pastoor-predikanten die de mensen thuis geloofssteun gaven, werden ook katholieke missionarissen vanuit Utrecht actief. De bijeenkomsten werden druk bezocht, maar ook de thuisdienst van de oprechte gelovige kon niet verboden worden; er heerste immers gewetensvrijheid!
Een belangrijke factor in wat kon en mocht of niet, vormde de ‘landadel’ met hun heerlijke rechten. Waren ze katholiek, dan werd er een katholieke schout aangesteld. Ook op andere wijze steunden zij hun geloofsgenoten: Gerrit Zoudenbalch, heer van de ridderhofstad Ter Meer, had al snel een schuilkerk ingericht en in Ter Aa werd met goedkeuring van de kasteelheer van Kronenburg (familie Van Lynden) een schuilkerk geopend in een boerderij op ’t Honderd: het Papie-Nessie.
Beresteyn
Met Van Bijlevelt als pastoor, onder de hoede van de familie Van Zuylen van Nyevelt, keerde eind zeventiende eeuw de katholieke stabiliteit terug. In 1680 kocht Van Bijlevelt ‘een schuur of stallinge’ in Maarssenbroek die als schuilkerk werd ingericht. In 1713 kocht hij het huis Beresteyn aan de Straatweg dat pastorie werd en er kwam een begraafplaats.
In 1751 vroegen de katholieken toestemming om bij de pastorie een kerk te bouwen. De kerk was klaar in 1760 en zou 125 jaar als parochiekerk functioneren. In 1795, bij de Bataafse Omwenteling (Revolutie), kwam de vrijheid van de godsdienst terug.