De Nuenense katholieken hadden er, na de inbeslagname door de protestanten, al vanaf 1648 niet meer in gekerkt. In 1798 kregen ze na een heuse handtekeningenactie, gericht aan de gemeentelijke overheid, hun verwaarloosde en vervallen kerk terug. Zij werd in 1823 afgebroken. De kerkgangers zochten hun toevlucht tot de schuurkerk uit 1824 op het Heieind. Deze stond op wat tegenwoordig het kerkplein voor de H. Clemenskerk is.
Een nieuwe kerk in het dorp
De 19e eeuw staat in het teken van herkregen vrijheid voor de katholieken en het uitoefenen van hun geloof. In Brabant, maar ook elders in Nederland, worden honderden nieuwe kerken gebouwd. Pastoor Wilhelmus Petrus van Lent neemt het initiatief voor de bouw huidige H. Clemenskerk in Nuenen. Hij koopt in 1868 voor 1016 gulden de grond voor de bouw van de kerk en de Duitse architect Carl Weber uit Roermond wordt aangezocht als architect. Aanvankelijk bakt men zelf de stenen voor de kerk, maar in 1870 staakt men dit. Wegens slecht weer was zondrogen namelijk niet goed mogelijk.
Op 28 maart 1871 zegent pastoor Van Lent de eerste steen. In juni 1872 wordt de haan op de toren geplaatst en op 23 november, de feestdag van de patroonheilige van de parochie H. Clemens, kan de kerk worden ingewijd. Pas in 1873 wordt de schuurkerk afgebroken en verhuizen het luidklokje en het uurwerk naar de nieuwe kerk. In de oude toren in de akkers hingen drie klokken, eigendom van de gemeente.
De zogeheten ‘Tiendklok’ van 1420 kg uit 1490 hangt nu in de H. Clemenskerk. De twee andere, vanwege slijtage opnieuw vergoten klokken, zijn in januari 1884 ook in de nieuwe toren gehangen. De veertien kruiswegstaties uit 1843 en zes heiligenbeelden verhuizen vanuit de schuurkerk naar de nieuwe kerk, waar ze nog steeds aanwezig zijn.