Behalve in 1503 woedde er ook in 1528 een flinke brand. Bovendien werd in de loop van de zestiende eeuw diverse keren in de omgeving van Harderwijk gevochten, waarbij plunderende soldaten behoorlijk wat ellende aanrichtten. Tot overmaat van ramp beschadigden zware stormen in 1570 en 1580 de muren aan de zeekant. Ook de stadsmuur aan de landzijde was er slecht aan toe. Kortom, tegenslagen die veel geld kostten. Daarom gingen in 1580 de belastingen met tweeduizend gulden omhoog terwijl de mensen het toch al moeilijk hadden.
Het stadsbestuur probeerde uit alle macht het leven van de burgers te verbeteren. Om de stadsmuren op te kunnen knappen werd subsidie gevraagd aan de Staten-Generaal en de Staten van Holland. Inderdaad kreeg de stad wat geld toegeschoven. Verder probeerde men door nieuwe regels - zoals het toelaten van uitsluitend goede schepen - de veerdienst naar Amsterdam op te peppen. In 1585 kreeg de Nijkerker Wychman Reijersen toestemming een molen te bouwen aan het Oude Blokhuis. Een jaar later werd de Hulshorstermolen verplaatst naar het Nieuwe Blokhuis. Een verdere versterking van de stadseconomie was het houden van leermarkten, waardoor leerkuipen gemaakt en verkocht konden worden. Leerkuipen werden door leerlooiers gebruikt om huiden te weken en te bewerken.
Ook de textielindustrie werd nieuw leven ingeblazen. Om wevers naar Harderwijk te lokken gaf het stadsbestuur steun bij het kopen van een verfketel en verfkuipen. Helaas werd de textielindustrie in Harderwijk geen groot succes.
Als gevolg van de opkomst van het protestantisme werden in 1580 de kloosters eigendom van de stad. Het klooster van de Graue Susteren aan de Smeepoortstraat werd in 1582 verhuurd aan Johan van Schevickhaven, de muntmeester van graaf Willem van den Bergh, stadhouder van Gelderland. In de jaren 1582 en 1583 liet de stadhouder in Harderwijk eigen munten slaan.
In 1584 verhuisde de Staten van Gelderland de gewestelijke munt van Nijmegen naar Harderwijk, naar het voormalige klooster waar toch al een munt was gevestigd. Nijmegen liep tijdens de Tachtigjarige Oorlog meer risico's dan Harderwijk. In geval van nood kon je vanuit Harderwijk over zee of over land wegvluchten met de voorraad edelmetaal en munten. In de gewestelijke munt werden de officiële munten van een gewest geslagen. Zo'n muntinstelling gaf niet alleen prestige, maar ook werkgelegenheid. Vandaar dat Harderwijk bijzonder ingenomen was met de vestiging van de Gelderse Munt.
Op 17 september 1806 werd de Gelderse Munt opgeheven door (de Franse) koning Lodewijk Napoleon. De Franse bezetters wilden van de Nederlandse gewesten een eenheid maken. Daarom kozen ze onder meer voor één rijksmunt, in Utrecht. De inventaris van de Gelderse Munt verhuisde dan ook naar die stad.
