De universiteit kwam in de eerste jaren na de oprichting tot bloei. Het aantal studenten bleef groeien, tot het aantal rond de zeventig lag. Wekelijks werden achttien colleges gegeven, meestal in de Commanderie van Sint-Jan. Maar vanaf 1665 ging het bergafwaarts met de universiteit. Dit kwam omdat de pest opnieuw uitbrak in Nijmegen, waardoor het aantal studenten afnam. Ook gingen twee erg goede hoogleraren weg om aan de universiteit in Leiden te gaan werken. Daarna zorgde een Franse inval er in 1672 voor dat al het onderwijs stil kwam te liggen. Na het vertrek van de Fransen lukte het niet voldoende geld bijeen te krijgen om de universiteit weer te openen. Daarom sloot zij in 1679 haar deuren.
De eerste Nijmeegse universiteit
Bloei en ondergang
In 1655 richtte Nijmegen een hogeschool op. De school groeide een jaar later uit tot universiteit, de eerste van Nijmegen. Vakken waren filosofie, wijsbegeerte, theologie, rechten, geneeskunst, geschiedenis en welsprekendheid.
