Het grondgebied van Hoonhorst hoorde vroeger bij de buurschap Lenthe, dat in 1133 voor het eerst vermeld wordt. 2 eeuwen later, in een rekening van het bisdom Utrecht uit 1336, komt de naam Hoonhorst voor het eerst voor. Vermeld wordt dat "Seine Wolterszoon de Hoenhorst to Lenthe mit sinen toebehoren, ghelegen in Daelvessemer kerspel in leen hield". Het ging om een spieker (opslagplaats) naast een kleine heuvel of horst in het landschap. Een dorp Hoonhorst was er nog niet in die tijd. De mensen woonden veel meer verspreid. Het landgoed Hoonhorst werd in 1474 onderdeel van de havezate Rechteren. Door vererving kwam het in handen van Hendrik van Rechteren, die er in 1626 een echt huis op bouwde. Zijn dochter Allegonda van Rechteren ging op dit, voor die tijd, riante onderkomen wonen. In 1790 werd de vervallen spieker verkocht aan Jans Gerrit Damman. Van de stenen en het houtwerk bouwde hij een nieuwe boerderij aan de huidige Koelmansstraat. In 1834 kocht de familie Van Royen uit Zwolle de grond waarop zij het huidige huis Hoonhorst bouwden (de "Belt").
Kerkbouw
Nadat troepen van prins Maurits in 1590 kasteel Rechteren op de Spaanse bezetting hadden veroverd, werd ook in het kerspel Dalfsen de katholieke godsdienstbeoefening verboden. In de praktijk betekende dit dat de kerkdiensten oogluikend werden toegestaan. Onder bescherming van katholieke edellieden werden op verschillende plaatsen missen gehouden onder meer in de Broekhuizen, Welsum, Emmen, in de Veldhoek en Wijthmen. Om aan deze toestand een einde te maken, vroeg pastoor Gerardus Michaël Hampzinck toestemming voor het stichten van een "kerkhuijs annexe wooninge" op de Tempelcamp in Hoonhorst. Uiteindelijk gaf in 1770 de drost van Salland, baron Sloet, deze toestemming met vermelding van een aantal voorwaarden. De bouw moest voldoen aan vele voorschriften en vooral geen aanstoot of ergernis veroorzaken. Het moest er uitzien als een boerenwoning met alleen vierkante vensters. Vanaf dat moment kerkten de katholieke Dalfsenaren, ook die ten noorden van de Vecht woonden, in Hoonhorst. Omdat het bij hoog water in de Vecht moeilijk was om in Hoonhorst naar de kerk te gaan, werd er in 1818 in het dorp Dalfsen een katholieke bijkerk in gebruik genomen. Voor dopen, trouwen en begraven bleef men echter aangewezen op de moederkerk in Hoonhorst. Men reed of liep over de Papenallee naar Hoonhorst totdat Dalfsen in 1859 een zelfstandige parochie werd.
Godsdienstvrijheid
De Franse tijd bracht vrijheid van godsdienst. De katholieken mochten weer in het openbaar hun geloof belijden. In 1810 werd de kerk in Hoonhorst verfraaid en kreeg het gebouw meer het aanzien van een echte kerk door spitsere ramen en een torentje. In 1821 schonk Antonius Bouwhuis, boer op Erve den Hoonhorst, een stuk land naast de kerk. De kerk werd toen uitgebreid met een kerkhof. Dit was het eerste katholieke kerkhof in heel Noord-West Overijssel; pastoors uit Vollenhove, Hasselt en Zwolle werden hier begraven. In 1856 werd de oude kerk uit 1770 vervangen en bouwde men een neogothische kerk. De kerk was, evenals haar voorgangster, gewijd aan de heilige Sint Cyriacus. In 1964 werd deze kerk afgebroken en vervangen door de huidige kerk.
Kerkdorp
Net als andere kerkdorpen die ontstonden als gevolg van de Reformatie bleef Hoonhorst klein: in de volkstelling van 1795 worden 28 huishoudens genoemd. Zeker is dat er rond 1810 twee tapperijen waren, de ene van Hendrikus Bisschop (In de klapmuts), de andere van Hendrik Jan Schuurman. Tot omstreeks 1900 bestond Hoonhorst uit een kerk met pastorie, een molen met een molenaarswoning, een paar boerderijen, een bakkerij en een aantal woningen. Tussen 1900 en 1960 is er een bescheiden groei aan woningen en boerderijen, er komen bakkerijen bij, een klompen- en zadelmaker, een timmerman, een schilder, een smid, een bank en een veevoerloods. In 1922 werden de Sint Cyriacusschool en bijbehorende onderwijzerswoning gebouwd. Na 1960 werden kleine wijken bijgebouwd: Dammans Es, Tempelhof, De Weitjes, De Horst en Koele. Stimulerend voor de groei van het dorp waren de komst van de bibliotheek, de gymzaal, zaal Kappers en de sportvelden. In 2010 telde het dorp ongeveer 640 inwoners.