De synode van Emden is een bijeenkomst van 29 Calvinistische uit Nederland verbannen kerkleiders. Tijdens deze synode werden de kerkorderegels en leerregels voor de kerk vastgesteld.
In de kerkorde van Emden wordt bepaald dat de leiding van de lokale kerk berust niet op een enkele ambtsdrager maar op een presbyteriaan college van verschillende ambtsdragers (o.m. ouderlingen en diakenen): het consistorium of de kerkenraad. Daarnaast is de orde synodaal. Dat wil zeggen dat de lokale kerken samen leven en samen werken. De hiervoor nodige vergaderingen zijn de classicale vergadering en de provinciale en de generale synode. Allemaal bekende begrippen die tot de dag van vandaag het grondpatroon van de protestantse kerken bepalen.
Verder wordt de Nederlandse Geloofsbelijdenis van 1561 aangenomen en wordt het gebruik van de Heidelbergse Catechismus in Nederlandstalige gemeenten goedgekeurd en de Catechismus van Geneve in Franstalige kerken.
Op de synode van Emden volgden meerdere provinciale synodes, waarin de besluiten van Emden werden overgenomen: Dordrecht 1574, Middelburg 1581, Den Haag 1586 en Dordrecht 1619.
