Oudste sporen
De kerk heeft een eerbiedwaardige geschiedenis. De oudste sporen ervan zijn teruggevonden tijdens een archeologisch onderzoek in 1973. Daarbij zijn funderingen van tufsteen aangetroffen van een zaalkerk behorend bij de nu nog bestaande tufstenen toren. Deze kerk is aan de hand van de gebruikte steensoort en de romaanse toren te dateren in de twaalfde eeuw. De kerk is aan St. Pancratius gewijd en waarschijnlijk gebouwd door de toenmalige heren van Maarssen. Het is aannemelijk dat de kerk ergens in de veertiende eeuw volledig in baksteen is herbouwd tot een éénbeukige kruiskerk met koor en steunberen. Deze datering is bepaald aan de hand van de baksteenformaten. De vergroting en omvorming tot een kruiskerk wijst op een belangrijke verandering. Vermoedelijk werd door groei van de bevolking als gevolg van de ontginning van het omliggend gebied een meer aanzienlijke en grotere kerk nodig geacht.
Een nieuwe kerk?
In het koor bevindt zich een ingemetselde steen met een Latijns opschrift dat vertaald als volgt luidt: ‘In het jaar van onze Heer 1519 op 15 maart, legde de edele en doorluchtige heer Splinter van Nijenrode (1480-1531) de eersten steen voor dit werk’. Vermoedelijk is de kerk in 1519 niet volledig herbouwd. Het lijkt meer op een rigoureuze verbouwing en verhoging van de kerk. De vernieuwing in 1519 was niet bedoeld voor de protestantse leer. Het zou nog meer dan vijftig jaar duren voordat hier een protestante eredienst werd gehouden. De laatste katholieke priester werd in 1570 aangesteld. Pas in 1588 kwam hier de eerste gereformeerde predikant.
Hoge heren in de kerk
De hoge heren die deze kerk bezochten, schoven niet aan bij de dorpelingen in de kerkbank. Maximiliaan van Lockhorst (1655-1740), vanaf 1702 heer van Maarssen en Ter Meer, had een eigen toegang tot de kerk. Later werd er voor de eigenaars van Ter Meer een nieuwe, eigen ingang gemaakt. Deze leidde naar hun imposante herenbank met baldakijn uit 1726. De Amsterdamse regentenfamilie Huydecoper, eigenaars van de buitenplaats Goudestein en heren van Maarsseveen, kreeg ook een eigen ingang en herenbank. Jan Elias Huydecoper (1669-1744) was de eerste Huydecoper die de Maarssense kerk als laatste rustplaats koos. Hij rust in een aangebouwde grafkapel die bereikbaar is vanuit de kerk.
Interieur
In de kerk hangen in totaal tien rouwborden, waarvan er negen betrekking hebben op de familie Huydecoper. Hoog in de kerk, in de koorsluiting waar de gewelfribben samenkomen, is een gewelfschotel te zien met daarop een gesneden en beschilderd Christuskopje, overgebleven uit de katholieke periode. De barokke, rijkversierde preekstoel en trapleuning stammen uit 1726. Geertruida Agneta baronesse van Lockhorst, vrouwe van Ter Meer schonk in 1790 een kostbaar en prachtig uitgevoerd hoofdorgel aan de kerk. Het is het oudste nog in gebruik zijnde orgel van de Utrechtse orgelmaker Abraham Meere.
De vloer van de kerk bestaat uit grote, grijszwarte natuurstenen platen. Vele daarvan zijn grafzerken uit vroegere tijd met ingebeitelde namen of wapens van de overledenen. Na de Reformatie zijn de gebrandschilderde ramen verdwenen. De Utrechtse oudheidkundige en humanist Aernout van Buchel (1565-1641) heeft van een aantal ramen van de kerk de daarop afgebeelde wapens nagetekend en de bijhorende namen vastgelegd. De kerk had vroeger als katholieke kerk een centraal altaar met een koorhek en een kruisbeeld en bij de ingang een wijwatervat. De kerk was waarschijnlijk ook beschilderd met afbeeldingen van heiligen en van Maria.
