Tot 1580 was Utrecht bisschopsstad. Toen in dat jaar de aartsbisschop Frederik Schenk van Toutenburg overleed, kon de paus door de politieke situatie in ons land geen nieuwe bisschop benoemen. Die situatie duurde voort tot 1853. Pas na de nieuwe Grondwet van 1848 was het mogelijk om weer een bisschop te benoemen. Die wet waarborgde namelijk de vrijheid van vereniging en daardoor kon de rooms-katholieke kerk haar eigen organisatie weer vormgeven.
Paus Pius IX benoemde op 3 maart 1853 tot aartsbisschop van Utrecht Joannes Zwijsen, een Tilburgse geestelijke. In de Domstad, waar al jaren een antipauselijke sfeer hing en waar een domineesopleiding aan de universiteit was gevestigd, stak een storm van protest op. Onder leiding van professor Mulder werd koning Willem III, tijdens een bezoek aan Paushuize, een verzoekschrift aangeboden om de komst van bisschoppen tegen te houden. Ook braken er anti-katholieke relletjes uit. Maar in de parlementaire democratie die ons land vanaf 1848 kende, kon de koning niets uitrichten. Langzaam verstomde het protest, dat de Aprilbeweging werd genoemd.
Joannes Zwijsen zette de situatie niet op scherp. Omdat hij tegelijk bisschop van Den Bosch was, woonde hij voornamelijk in het Brabantse Haren. Als hij in Utrecht moest zijn, resideerde hij op het huis Sparrendaal in Driebergen-Rijsenburg.
Als een van zijn taken zag de nieuwe aartsbisschop het kerkrechtelijk oprichten van parochies, onder andere in de Utrecht. In 1856 werden de staties, de schuilkerken uit de zeventiende en achttiende eeuw, opgeheven. In plaats daarvan kwamen officiële parochies: Sint Catharina, Willibrord, Augustinus, Martinus en Onze Lieve Vrouw aan de Biltstraat. De Sint Catharinakerk werd de nieuwe kathedraal.
Zijn naaste medewerker en op den duur Zwijsens hulpbisschop was Andreas Schaepman die op Nieuwegracht 61 woonde. Toen deze in 1868 aartsbisschop Zwijsen opvolgde, bleef hij aan de Nieuwegracht wonen. Niemand nam daar meer aanstoot aan. Katholieken waren toch niet zulke rare, alleen op de paus gerichte mensen gebleken, als de protestanten hadden gevreesd.