Nu de gezamenlijke vijand Spanje even uit beeld is, krijgt binnenlandse zaken de focus. Van eenheid is volstrekt geen sprake. In de nieuwe Republiek en de nieuwe Nederduitsch Gereformeerde Kerk worden grote breuklijnen in visie op de staat en de kerk zichtbaar.
Binnen de kerk ligt de focus bij het zoeken naar de “Ware leer”. Al snel ontstaan twee partijen die lijnrecht tegenover elkaar staan. De discussie spitst zich op “de verkiezing Gods” rond de Leidse hoogleraren Jacobus Arminius (1560 - 1609) en Franciscus Gomarus (1563 – 1641). Het theologische debat krijgt een grillig vervolg. Op de achtergrond ontwikkelt zich parallel een politieke strijd. De strijd om de staatsmacht tussen twee kampen. Die van raadpensionaris Johan van Oldenbarnevelt en stadhouder Prins Maurits.
Het twaalf-jarig bestand
Wapenstilstand tussen Spanje en de Republiek.
Waar Rijssen worstelt met de nieuwe kerkelijke situatie en het vinden van een nieuwe identiteit, spelen er landelijk hele andere ontwikkelingen.
In het jaar 1609 sluiten de Republiek en Spanje een tijdelijke wapenstilstand. De belangrijkste reden is dat beide partijen de strijd financieel niet meer trekken.