Intussen heeft de kerkelijke strijd zich met de politieke strijd vermengd. Van Oldenbarnevelt sympathiseert met de groep rond Arminius, de remonstranten. Prins Maurits trekt partij voor de groep van Gomarus, de contraremonstranten. De keuze van Maurits is strategisch.
Het grote geschilpunt ligt in de visie op de Predestinatie, de uitverkiezing. Arminius is van mening dat de mens een vrije wil heeft om uiteindelijk in de hemel of de hel te komen. Gomarus bestrijdt deze visie en is van mening dat de bestemming van de mens bij de geboorte vaststaat. De remonstranten zijn een minderheid in verhouding tot contraremonstranten. De contraremonstranten domineren de kerkvergadering. Vaststaat dat de remonstranten de deur wordt gewezen.
De remonstranten bereiden zich voor op een open dialoog. Maar het loopt anders. Ze moeten plaatsnemen in het midden van de vergadering. De aangewezen plaatsen maken duidelijk dat er geen sprake is van een open debat. De leer van Arminius wordt afgewezen. De argumentatie wordt verwoord in Vijf Artikelen tegen de Remonstranten. Het geschrift is bekend geworden als de Dordtse Leerregels.
Op de synode wordt de leer van de kerk in drie gereformeerde belijdenisgeschriften vastgesteld. De Heidelberger Catechismus, De Nederlandse Geloofsbelijdenis en de Dordtse Leerregels. Ze staan bekend als de drie Formulieren van Enigheid.
Een ander historisch besluit op de synode is het komen tot een vertaling van de Bijbel in de Nederlandse taal. Het drukken van een Bijbel voor gebruik binnen de gehele kerk.
De synode van Dordrecht verdient niet de schoonheidsprijs. De kerkvergadering heeft diepe sporen in onze Nederlandse kerkgeschiedenis getrokken tot op de dag van vandaag. Bitterheid heeft hier wortel geschoten. De pijn van Dordt zal een kleine 200 jaar later uitlopen op de bittere breuk De Afscheriding van 1834.
Het politieke conflict eindigt in 1619. Johan van Oldenbarnevelt wordt wegens hoogverraad ter dood wordt gebracht.
